本館所珍藏的臺灣資料，包含日治時期臺灣總督府圖書館及南方資料館所藏之舊籍文獻，二戰後國內外相關史料與論著，成果豐碩。茲分述如下：

舊籍圖書

中文圖書所藏內容主要有方志、采訪冊、輿圖、族譜、詩文別集等，如《六十七兩采風圖》等；日文圖書多為日治時期各類書籍與資料，內含有官方的公報、官報、年鑑、調查書、報告書、業務計畫等資料，甚至包羅旅遊的宣傳品、寫真集(帖)、街庄概況與地形圖，如《臺灣總督府府報》、《臺灣堡圖》等；西文圖書保存有關臺灣專書中，亦不乏極罕見的珍本，如17世紀出版的《被遺誤的臺灣( ’t Verwaerloosde Formosa)》荷蘭文原本。

碑碣拓本

本館於1990年與國立成功大學合作，從事全臺灣碑碣調查、拓製及整理，至1999年6月全部完成，計有拓本2,091件，所有拓本原件均經裱褙後入藏，並彙編圖誌分冊印行。

微縮資料

本館將明清史書、日治時期臺灣總督府之藏書、報紙全數拍攝微捲以利典藏，其中較重要的有淡新檔案、荷蘭國家檔案館收藏有關臺灣及東南亞檔案、美國國務院收藏有關中國及臺灣內政及外交檔案。

古文書、地圖

臺灣古文書包含清領時期及日治時期番契、漢契以及地籍資料及各種文書等約計二千九百餘筆；地圖則有各地地形圖、堡圖、鐵道圖、水道圖等千餘幅各式地圖。

期刊、報紙

日治時期報紙，如《臺灣日日新報》、《臺灣日報》等，記載當時社會、政治、工商產業等報導與評論，為研究日人治臺實況之重要資料。期刊雜誌則包含教育、醫學、建築、文藝、宗教、美術等類別，如《臺灣教育》、《臺灣醫學會雜誌》等。

數位典藏

本館除積極蒐集出版市場上相關電子資源，亦致力於特藏臺灣資料之數位化規劃製作並建置完成「臺灣學數位圖書館」，成果包括：「日治時期圖書影像系統」、「日治時期期刊影像系統」及地圖資料庫，並積極整合臺灣研究電子資源，建置「臺灣學電子資源整合查詢系統」等各項查詢系統，皆已開放讀者使用。